വിവാദങ്ങൾക്ക് പിന്നാലെ മന്ത്രി സണ്ണി ജോസഫിന്റെ അഡീഷണൽ പ്രൈവറ്റ് സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന ബെന്നി തോമസ് രാജിവച്ചു. ബന്ധുവിനെ നിയമിച്ചിരുന്ന രീതിയിൽ പ്രതിപക്ഷം അടക്കം വലിയ രീതിയിലുള്ള പ്രതിഷേധമാണ് ഉയർത്തിയിരുന്നത്. മുഖ്യമന്ത്രി വി ഡി സതീശന് ബെന്നി തോമസ് രാജി കത്ത് കൈമാറിയതായി ആണ് വിവരം. സണ്ണി ജോസഫിന്റെ സഹോദരിയുടെ ഭർത്താവായിരുന്നു ബെന്നി തോമസ്. എന്നാൽ സഹോദരിയുടെ ഭർത്താവ് എന്ന നിലയിൽ അല്ല ബെന്നി തോമസ് ദീർഘകാലമായി മികച്ച ഒരു പൊതുപ്രവർത്തകനായിരുന്നു. ആ നിലയിലാണ് പ്രൈവറ്റ് സെക്രട്ടറിയായി സ്ഥാനപ്പെടുത്തിയത് എന്നാണ് സണ്ണി ജോസഫ് നൽകുന്ന വിശദീകരണം. കണ്ണൂർ ഡിസിസി പ്രസിഡണ്ട് ഔദ്യോഗമമായി സുഭാഷ് ചെയ്തതിനെ അടിസ്ഥാനത്തിലാണ് ബെന്നി തോമസിനെ അഡീഷണൽ പ്രൈവറ്റ് സെക്രട്ടറി ആക്കാൻ തീരുമാനിച്ചത് എന്നും വിശദീകരണം നൽകിയിരുന്നു. എന്നാൽ ബന്ധുവിനെ നിയമത്തിന്റെ പേരിൽ കെപിസിസി യോഗത്തിലും സണ്ണി ജോസഫിനെ കടുത്ത വിമർശനമാണ് ഉയർന്നിരുന്നത്. വിവാദങ്ങൾക്കിട നൽകി എന്നാണ് പ്രധാനപ്പെട്ട ആരോപണം.